Nach Absolvierung der Prager Orgelschule 1870 war er für 13 Jahre Kapellmeister in der Kaiserlich Russischen Armee. Dies war für Musiker aus Böhmen damals keine Seltenheit, da sie nicht die sonst obligatorische russische Staatsbürgerschaft annehmen mussten.
Am 1. August 1886 wurde Johann Nowotny Kapellmeister beim k. u. k. Infanterie-Regiment Nr. 92 in Theresienstadt in Böhmen. Im Gegensatz zu den Militärkapellen in oder nahe den großen Zentren konnte Nowotny nicht auf gut ausgebildete Musiker, oft sogar auf Absolventen des Konservatoriums, zurückgreifen. Er war selbst großteils für die Aus- und Weiterbildung der Musiker verantwortlich. Trotzdem war es bereits nach kurzer Zeit möglich, auch Platzkonzerte durchzuführen. Diese fanden im nahe gelegenen Kur- und Badeort Teplitz-Schönau statt, wo einmal pro Woche konzertiert wurde.
Nowotny starb am 25. September 1896 als aktiver Kapellmeister.
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